2000年7月10日，马云成为《福布斯》杂志封面人物。
2009年，马云加入TNC中国理事会。
2009年5月5日，亚太经济合作组织（APEC）工商咨询委员会（ABAC）任命马云为2010年ABAC行动计划和APEC资源工作委员会（ABAC ACTION PLAN AND APEC RESOURCES WORKING COMMITTEE）主席。
2010年4月16日，马云加入大自然保护协会（TNC）全球董事会。
2013年5月11日，马云出任TNC（大自然保护协会）中国理事会主席。 同年5月，马云宣布将和中国其他的几位企业家一起，为中国全球保护基金筹集1500万美金，投入发展中国家的绿色计划。
2013年9月27日，阿里巴巴集团创始人马云夫妇作为捐助人正式加入生命科学突破奖基金会，两人每年将为生命科学突破奖基金捐献300万美金，马云将会出任全球生命科学突破奖基金会理事。
2014年4月，马云向自己的母校杭州师范大学捐赠1亿元人民币，设立“杭州师范大学马云教育基金”。这笔捐赠将由杭州师范大学教育基金会专项管理。
2015年1月，马云作为亚洲和大洋洲地区唯一的私营部门代表，当选全球互联网治理联盟委员会成员。
2015年4月，马云获第12届“中国首善”称号， 捐赠额达124亿元。
2015年4月10日，由马云、马化腾出任该机构董事会联席主席的“桃花源生态保护基金会”宣布成立，45名知名企业家都参与到这一项目中，马云说：“取名‘桃花源’，我们希望中国10年、20年之后能拥有更纯净的水和空气”。
2015年6月30日，全球互联网治理联盟在巴西圣保罗召开全体理事会，选举了3名联合主席，阿里巴巴董事局主席马云当选理事会联合主席。
2015年9月8日，胡润2015年华人慈善报告出炉，马云通过捐赠阿里巴巴股权设立慈善信托基金，第一次的高调捐赠就成为中国最大单笔个人捐赠，当时此部分股权市值约145亿元，该基金主要用于环境、医疗、教育和文化领域。马云的太太张瑛也同样热心慈善，前年与马云共同加入美国生命科学突破奖基金会，并承诺每年为其捐赠1800万元。
2015年9月11日消息，联合国妇女署今日宣布阿里巴巴集团董事局主席马云将受邀参加9月27日在纽约联合国总部举行的全球妇女峰会。
2015年9月15日，北京大学首届社会公益管理硕士项目。
开学典礼暨北大光华银泰公益管理研究中心揭牌仪式在光华管理学院举行。马云受邀为新生讲授 开学第一课。
2015年9月16日，马云公益基金会在北京启动“马云乡村教师计划暨首届马云乡村教师奖”。从2015年开始，马云公益基金会将会每年拿出1000万元人民币奖金，向当年入选的100名乡村教师提供资助和持续三年的专业发展支持。
2015年9月28日，全球妇女峰会在纽约联合国总部召开，马云作为全球唯一的企业家代表在会上发言并汇报妇女工作。
2015年10月13日下午，2015年天猫双11全球狂欢节宣布启动，在杭州西溪园区的天猫喵鲜生与全球百大生鲜协会签约现场展示区，阿里巴巴集团董事局主席马云现场扫码拍下今年双11生鲜第一大单——购买了一条重达68公斤的蓝鳍金枪鱼，价格为38888元。
2015年10月20日，阿里巴巴集团董事局主席马云受邀出任英国首相戴维·卡梅伦的特别经济事务顾问。
2015年10月24日，浙商总会成立大会暨第一次会员代表大会在杭州举行。会上选举阿里巴巴集团董事局主席马云为会长。
2015年10月31日，2015年复旦管理学奖励基金会颁奖典礼暨十周年总结会在上海复旦大学隆重举行，复旦管理学奖励基金会理事长、第十届全国政协副主席徐匡迪为阿里巴巴集团董事局主席马云颁发了“复旦企业管理杰出贡献奖”。
2015年11月18日，阿里巴巴董事局主席马云受邀在菲律宾举
行的2015年APEC工商领导人峰会上发表了主旨演讲。在演讲结束后，马云还受邀同美国总统奥巴马进行了对话。
2015年11月30日，马云、比尔·盖茨、扎克伯克……这些全球顶尖科技公司创始人的名字同时出现在一份27人的名单上--他们投入巨资联手发起了一项史无前例的“清洁能源研究计划”。这一计划目的是集合政府与企业的力量，找到除了风能、太阳能以外更多零碳排放能源的可能，从技术上找到更多阻止全球变暖的方法。马云无疑是这一项目中最受关注的中国企业家。
2015年12月6日，阿里巴巴集团董事局主席马云受邀出席联合国气候变化巴黎大会并发表主题演讲。
2015年12月16日，出席了第二届世界互联网大会开幕式。
2015年12月18日，在第二届世界互联网大会上，马云当选全球互联网治理联盟联合主席。
2016年1月17日晚，首届“马云乡村教师奖”颁奖典礼在海南三亚举行。马云、李连杰、那英、赵薇、汪涵、高晓松、郎朗等明星大腕出席典礼，并带领西部六省100名获奖乡村教师走红毯。
2016年1月19日，阿里巴巴集团董事局主席马云受邀成为联合国“可持续发展目标”的倡导者。马云为受邀的唯一一位中国企业家。
2016年1月28日，北京师范大学中国公益研究院发布《2015中国捐赠百杰榜》，阿里巴巴马云以2.3亿多元的捐赠额排名第十。
2016年3月1日，由阿里巴巴董事局主席马云和影星李连杰共同创办的太极禅国际文化发展有限公司首家生活馆在北京通州鲁能格拉斯小镇开业。
2016年3月19日—3月21日，马云参加由国务院发展研究中心主办、中国发展研究基金会承办的“中国发展高层论坛2016”年会。19日上午，马云在钓鱼台国宾馆对话全球社交网站公司Facebook创始人兼首席执行官马克·扎克伯格。
2016年3月24日，马云参加博鳌亚洲论坛2016年年会。
2016年3月27日，湖畔大学在杭州举行了第二届的开学典礼，阿里巴巴董事局主席马云作了开学致辞。
2016年5月8日，马云任中国企业家俱乐部主席。
2016年5月13日，法国政府为马云举行了授勋仪式，授予“法国荣誉军团勋章”，以表彰他在中法合作中的杰出贡献。[27]
2016年7月9日，阿里巴巴集团董事局主席马云参加由杭州市政府、阿里巴巴公益基金会主办的首届全球XIN公益大会。
2016年9月21日，联合国秘书长潘基文亲自签发任命书，宣布马云受邀出任联合国贸易和发展会议青年创业和小企业特别顾问。[28]
2017年4月25日，联合国助理秘书长、联合国贸易和发展会议青年创业和小企业特别顾问马云来到联合国日内瓦总部，跟同事们分享半年来的工作成果。自2016年9月受邀任职以来，马云一直在全球各地奔走，履行帮助年轻人和小企业发展的职责[30]。
2018年1月，团结香港基金发布公告称，马云以个人名义向该基金捐赠5000万港元，以支持教育、青年、创新等领域的政策研究和相关工作。[39]
2018年4月25日，第十五届（2018）中国慈善榜在北京发布，阿里巴巴集团董事局主席、马云公益基金会创始人马云等荣获年度慈善家称号。
2018年5月9日，马云当选中国网络社会组织联合会副会长。
2018年5月10日，阿里巴巴在西溪园区举行了第13届阿里日集体婚礼，马云亲自证婚。
2018年5月18日下午，在香港大学李兆基会议中心大会堂举行的第199届学位颁授典礼上，马云获颁名誉社会科学博士学位，以表彰他对科技、社会和世界所作出的重大贡献。[40]
2018年7月13日，联合国推出联合国数字合作高级别小组主席，任命马云为联合主席。